Die Villa Reale di Marlia war ursprünglich eine kleine Festung des Herzogs von Tuscia aus dem 10. Jahrhundert. Ein Dokument aus dem Jahre 1517 bezeugt den Verkauf an die Familie Buonvisi von seiten der Familie Avvocati. Aufgrund des Bankrotts ihrer Firma waren die Buonvisi dazu gezwungen, die Villa im Jahre 1651 an Lelio und Oliviero Orsetti zu verkaufen.

Die Orsetti ließen die angrenzende Palazzina dell’Orologio erbauen und realisierten einen wunderbaren Barockgarten, dekoriert mit herrlichen Wasserspielen, Nymphen und Statuen.

Im Jahre 1806 wurde die Villa von Elisa Baciocchi erworben, der Schwester Napoleons und Königin der Etruria (von daher rührt der Name Villa Reale). Elisa kaufte auch die Villa del Vescovo und begann umgehend mit den Arbeiten zum Zusammenschluß der beiden Anwesen.
Um den ganzen Hof unterbringen zu können wurde die Villa um ein Stockwerk erhöht; gleichzeitig nahm man die Veränderung des Gartens in einen Garten im Englischen Stil vor, wobei viele Barockelemente entfernt wurden und nur die Kapelle und die “Grotte des Pan” verschont blieben.

Nach dem Fall Napoleons hat die Villa, in der Niccolò Paganini mehrmals auftrat, zahlreiche Eigentümerwechsel erlebt.