De Villa Reale di Marlia was oorspronkelijk een klein fort van de Hertog van Tuscia daterend uit de Xe eeuw. Een document uit 1517 getuigt van de verkoop aan de familie Buonvisi door de familie Avvocati. Door het faillisement van hun bedrijf, zagen de Buonvisi zich verplicht de villa te verkopen aan Lelio en Oliviero Orsetti in 1651.

De Orsetti lieten de aangrenzende Palazzina dell’Orologio bouwen en realiseerden een schitterende barokke tuin, gedecoreerd met prachtige waterspelen, een grot met fontein en beelden.

In 1806 werd de villa gekocht door Elisa Baciocchi, zuster van Napoleon en koningin van Etruria (vandaar de naam Villa Reale). Elisa kocht tevens de Villa del Vescovo en begon meteen met de werkzaamheden voor de fusie van de twee eigendommen.
Om iedereen aan het hof te kunnen ontvangen, werd de villa met één verdieping vergroot; tegelijkertijd werd met de transformatie van de tuin naar een engelse tuin begonnen met de verwijdering van vele barokke elementen en werd alleen de kapel en de “grot van Pan” bewaard.

Na de val van Napoleon heeft de villa, waar zich meerdere keren Niccolò Paganini heeft laten zien, verschillende malen van eigenaar gewisseld.