Over de oorsprong van Pisa zijn er nogal verwarrende berichten.
Sommigen wijzen de Grieken aan als zijn stichter. Voor anderen werden de “eerste stenen” door de Liguriers gelegd. Tot slot zijn er die het vaderschap, zoals vele andere steden in het westen van Toscane, toeschrijven aan de Etrusken.

Het is zeer goed mogelijk dat deze onzekerheid te wijten is aan het feit dat Pisa zich in een grensgebied van verschillende volkeren bevond.

Niettemin doet de vondst tijdens de negentiende eeuw van een twintigtal graven die dateren uit de Ijstijd en in de jaren zestig van de vorige eeuw van het “Graf van de Etruskische Prins” vermoeden dat de stad gesticht werd door het mysterieuze volk dat (waarschijnlijk) afkomstig was uit Lydia, het tegenwoordige Turkije.

Het is in ieder geval zeker waar de eerste nederzettingen plaatsvonden: in de zone ten noorden van het historisch centrum. Het hierboven genoemde graf bevindt zich in Gagno, vlakbij de stadsmuren, tussen de karakteristieke villa’s met één of twee verdiepingen in dit gedeelte van Pisa. Opgravingen in de omgeving van het piazza dei Miracoli hebben bovendien de aanwezigheid van de van oorsprong romeinse villa’s in Pisa onthuld. De stad met de Scheve Toren werd een belangrijke versterkte haven en militaire basis voor Rome.

Na de val van het Imperium, zag Pisa zijn belang afnemen en werden de berichten over de stad zeldzaam.

Zijn macht en prestige begon weer te groeien rondom het jaar Duizend, toen het zich opnieuw in het middelpunt van de belangstelling bevond (voor meer informatie over deze periode lezen we in het volgende hoofdstuk in de toeristische gids die gewijd is aan Pisa, de oude Maritieme Republiek).