Die Villa Borromeo verdankt ihren Namen der berühmten Familie der Kardinäle Carlo (heiliggesprochen im Jahre 1610) und Federico, die sie in der toskanischen Landschaft zu einem nicht bekannten Zeitpunkt erbauen ließ und bis zum Jahre 1704 deren Eigentümer blieb.

Wenn auch das Datum der Konstruktion des Gebäudes bis heute nicht bekannt ist, wissen wir doch, daß die Villa bereits im Jahre 1456 existierte, dem Jahr in dem sich hier Sant’ Antonino aufhielt, zu dieser Zeit Bischof von Florenz.

Nach der berühmten Verschwörung der Pazzi wurde die Villa, die Teil der Mitgift der Tochter Giovanni Borromeos war, die die Braut von Giovanni Pazzi wurde, an einen anderen Zweig der Familie Borromeo abgetreten, deren Mitglieder Anhänger der Medici waren.

Im Jahre 1704 wurde die Hälfte der Villa von der Familie Capponi erworben, die später die Besitzer des gesamten Anwesens wurden. Hier ließen die Capponi eine interessante Kapelle konstruieren.

Wie eine Gedenktafel erinnert, flüchtete sich in diese Villa, die von einem schönen Garten im Italienischen Stil umgeben ist, im Jahre 1848 Antonia di Borbone, Ehefrau des Großherzogs Leopoldo II, mit dem Hof und ihren Kindern vor den Unruhen des Risorgimento.