Villa Fabbricotti deve il suo nome a Giuseppe Fabbricotti che l`acquistò nel 1864. Nel Trecento l`edificio era di proprietà della famiglia Buoninsegni, quindi nel Cinquecento passò nelle mani degli Strozzi, che ne fecero un casino di caccia, che venne chiamato "Lo Strozzino".

Acquistata la villa, Fabbricotti incaricò Vincenzo Micheli di ristrutturare l`edificio trasformandolo in una residenza di lusso. Micheli si dedicò anche alla ristrutturazione del giardino, probabilmente sulla base di un progetto dell`architetto Giuseppe Poggi, al quale si devono anche Piazzale Michelangelo e i viali fiorentini.

Dopo essere stata acquistata nel 1935 dallo stato italiano ed essere stata al centro di una lunga controversia giudiziaria, Villa Fabbricotti è oggi di proprietà del Comune di Firenze.

Nella villa hanno soggiornato numerosi personaggi illustri, tra cui Elisa Baciocchi, sorella di Napoleone e granduchessa di Toscana, e la regina Vittoria.