Villa Borromeo dankt zijn naam aan de beroemde kardinalenfamilie Carlo (heilig verklaard in 1610) en Federico, die het lieten bouwen op het destijds onbekende toscaanse platteland en bleven eigenaar tot 1704.

Ook al is de datum van constructie tot nu toe onbekend, we weten dat de villa al in 1456 bestond, het jaar waarin Sant’Antonio, destijds bisschop van Florence er verbleef.

Na de beroemde samenzwering van de Pazzi, werd de villa, dat deel uitmaakte van de bruidsschat van de dochter van Giovanni Borromeo toen zij trouwde met Giovanni Pazzi, afgestaan aan een tweede tak van de familie Borromeo, waarvan de vertegenwoordigers aanhangers waren van de Medici.

In 1704 werd de helft van villa gekocht door de familie dei Capponi, die vervolgens eigendom werden van het gehele landgoed. Hier liet Capponi een interessante kapel bouwen.

Zoals de gedenkplaat herinnert, nam Antonia di Borbone haar toevlucht in 1848 tot deze door een mooie italiaanse tuin omringde villa, vrouw van de Groothertog Leopoldo II, met hof en kinderen om te vluchten voor de Risorgimento (streven naar eenheid en bevrijding).