Villa Borromeo debe su nombre a la célebre familia de los cardenales Carlo (santificado en 1610) y Federico, que la hizo construir en la campiña Toscana en época desconocida y fue propietaria hasta 1704.

A pesar de que la fecha de construcción del edificio es aún desconocida, sabemos que la villa existía ya en 1456, año en que se alojó San Antonino, en aquel entonces Obispo de Florencia.

Después de la célebre conspiración de Pazzi, la villa, que hacía parte de la dote de la hija de Giovanni Borromeo dada como esposa a Giovanni Pazzi, fue cedida a un segundo ramo de la familia Borromeo, cuyos representantes eran sostenedores de los Medici.

En 1704 mitad de la villa fue adquirida por la familia Capponi, que en seguida se convirtió en propietaria de toda la finca. Aquí los Capponi hicieron construir una interesante capilla.

Como recuerda la lápida conmemorativa, en 1848 en esta villa circundada por un bello jardín a la italiana, se refugió Antonia de Borbón, mujer del Gran Duque Leopoldo II, con la corte y los hijos para escapar de los motines de los resurgentes.