Villa Fabbricotti debe su nombre a Giuseppe Fabbricotti que la compró en 1864. En el siglo XIV, el edificio era de propiedad de la familia Buoninsegni, luego en el siglo XVI pasó a las manos de los Strozzi, que hicieron de ella un casino de caza, que recibió el nombre de "Lo Strozzino" ("El usurero" - palabra que mantiene una asonancia con el apellido de la familia).

Cuando Fabbricotti compró la villa, encargó a Vincenzo Micheli que reestructurara el edificio y lo transformara en una residencia de lujo. Micheli se dedicó también a la reestructuración del jardín, probablemente sobre la base de un proyecto del arquitecto Giuseppe Poggi, al cual debemos también la Plaza de Miguel Ángel y las avenidas florentinas.

Después de que el estado italiano la comprara en 1935 tras una larga controversia judiciaria, Villa Fabbricotti pertenece hoy día al Ayuntamiento de Florencia.

En la villa, se han alojado numerosos personajes ilustres, entre los cuales Elisa Baciocchi, hermana de Napoleón y granduquesa de Toscana, y la reina Victoria.